第三の目とは、松果体と深く関連があるといわれています。
全く同じものではないようです。
1960年代に、松果体がメラトニンというホルモンを分泌する内分泌器官だと発見されました。
インドのヨガでは、6番目のチャクラと呼ばれ、ニューエイジ作家アリス・ベイリーは、
「松果体の目」は重要な器官だとしています。
近代哲学の祖デカルトは「魂のありか」と呼びました。
以下、ウィキペディアより抜粋しました。画像も
松果体（しょうかたい、英語：pineal body）は、脳に存在する小さな内分泌器である。松果腺 (pineal gland) 、上生体 (epiphysis) とも呼ばれる。脳内の中央、2つの大脳半球の間に位置し、間脳の一部である2つの視床体が結合する溝にはさみ込まれている。概日リズムを調節するホルモン、メラトニンを分泌することで知られる。
位置
ヒトの松果体は、赤灰色でグリーンピース（8 mm）ほどの大きさである。上丘の上、視床髄条の下に位置し、左右の視床に挟まれている。松果体は視床後部の一部を構成する。
松果体は脳の中央線上に位置しており、頭蓋骨をX線で撮影すると石灰化したものが写ることがある。松果体の石灰化が起こっていた場合、X線撮影で脳の中央にあるべきものが、例えば脳腫瘍などが原因で左右に変位していないかを簡単に判断することが可能である。
松果体にメラトニンの生成機能があり、概日リズムを制御していることを科学者が発見したのは1960年代である。
メラトニンの生産は、光の暗さによって刺激され、明るさによって抑制される。
松果体は子供では大きいのに対して、思春期になると縮小し、メラトニンの生合成量も減少する。性機能の発達の調節、冬眠、新陳代謝、季節による繁殖に大きな役割を果たしているようである。
子供の豊富なメラトニンの量は性成熟を抑制していると考えられ、小児に発生した松果体腫瘍は性的な早熟をもたらす。
松果体の石灰化はヒトの成体においてよく見られる変化である。16歳を過ぎた頃から、松果体にはカルシウムやマグネシウムが盛んに沈着するようになり、やがて石灰化して、X線撮影をすると骨と同じように容易に見えるようになる。
哲学との関連
松果体が内分泌器であることが分かったのは、比較的最近である。脳内の奥深くにあることから、哲学者は松果体には重要な機能があると考えていた。松果体の存在は神秘なものとされ、迷信や形而上的な理論がまといついた。
デカルトはこの世界には物質と精神という根本的に異なる2つの実体があるとし（現代の哲学者たちの間ではこうした考え方は実体二元論と呼ばれている）、その両者が松果体を通じて相互作用するとした。デカルトは松果体の研究に時間を費やし、そこを「魂のありか」と呼んだ。
松果体は、ヨーガにおける6番目のチャクラ（アージュニャーまたは第3の目）、または7番目のチャクラ（サハスラーラ）と結び付けられることもある。松果体は眠っている器官であり、目覚めるとテレパシーが使えるようになると信じる人もいる。
ニューエイジ運動の初期の指導者であるアリス・ベイリーのような作家は、精神的な世界観において「松果体の目」を重要な要素としている（アリス・ベイリーの『ホワイトマジック』を参照）。
「松果体の目」という観念は、フランスの作家ジョルジュ・バタイユの哲学でも重要なものである。批評家ドゥニ・オリエはla Prise de la Concordeの中で、バタイユは「松果体の目」の概念を西洋の合理性における盲点への参照として使っていると論じている。
